DAPBISurf 使用问题请教

Submitted by ly666 on Wed, 08/05/2020 - 14:57

各位老师好，

        最近正在学习DPABISurf的使用，也研究了fmriprep。相比于官方的fmriprep，DPABISurf提供了更好的交互界面（用户体验），以及后续的一系列处理，如regress out nuisance， smoothing，filtering ...， 十分方便，感谢DPABI团队提供如此优秀的工具包。在使用的过程中我也遇到了一些问题，希望各位老师指教。

       1） 关于fmriprep提供的volume空间分辨率只有1m, 2m 和 native， 如果想要配准到3m*3m*3m标准空间怎么办？（数据的原始分辨率比较大，2m会增加计算负担，且可能信息冗余）。如果可以直接resample的话，我应该先配准到哪个分辨率（1m,2m 或者 native）？如果我的处理步骤是FunVoluWCSF的话，我应该把resample放在哪步之后比较好？

      2）DPABISurf 的Volume默认标准空间应该是MNI152NLin2009cAsym， 现在的大多脑模板可能是FSL选择MNI152NLin6Asym，两者有一点差别。后者的Atlas或者ROI可以直接用在前者空间的数据上么？还是要做什么处理？

      3)  DPABISurf regress out 的 mean CSF signals, WM signals and Global signals 似乎还是用SPM模板计算出来的？我注意到fmriprep生成的confounds文件中是有这些nuisances的，是否我应该用那些而不是SPM的？除此以外，regress out 中CSF，WM 信号的计算下除了mean还有segment，segment是指通过fmriprep分割出个体空间的WM和CSF部分然后计算其中的平均信号么？
 
      4）关于Surface的平滑是基于freesurfer的么？我没能找到freesufer提供的关于平滑的函数。 
 
      5） 如果我想计算一下surface空间各vertex间的距离，生成一个vertex×vertex的距离矩阵的话，各位老师有什么方法或者函数推荐的么？因为相邻vertex间的距离好像不是一个定值，而且gifti文件中的Data也是一维的数据，似乎没有vertex的排布信息。
 
      谢谢各位老师！

 

Forums:

YAN Chao-Gan

Sun, 08/09/2020 - 07:55

1) 你可以研究一下fmriprep的命令，https://fmriprep.org/en/20.1.1/spaces.html， 看试试能不能出来3mm的数据。如果研究出来了，记得在这里回复。

2）可以直接用。

3）我个人偏向于用SPM模板生成的。是的。

4）查一下mri_surf2surf

5) 你的vertex距离是怎么定义的？三维的？二维的？不同曲面上是不一样的。