各位老师好，请问一个关于提取全脑时间序列的问题。

Submitted by Frances-J on Sun, 11/04/2012 - 09:23

我目前正在进行的课题需要分别提取全脑每个VOXEL的时间序列。我已使用dparsf完成原始数据的预处理，接下来应该怎么操作呢？
我在论坛中看到有人提到可以使用rest_to4d这个函数，
我在MATLAB中输入 rest_to4d(‘J:\Analysis\FunImg\sub1‘)
报错如下：
Read 3D EPI functional images: "J:\Analysis\FunImg\sub1"........................................??? Error using ==> rest_spm_slice_vol
File too small.

Error in ==> rest_spm_read_vols at 34
 Y(:,:,p,i) = rest_spm_slice_vol(V(i),rest_spm_matrix([0 0 p]),V(i).dim(1:2),0);

Error in ==> rest_ReadNiftiImage at 110
        Data = rest_spm_read_vols(V);

Error in ==> rest_readfile at 71
            [Outdata,Header]= rest_ReadNiftiImage(hname,volumeIndex);

Error in ==> rest_to4d at 84
            [theOneTimePoint, VoxelSize, Header] = rest_readfile(theFilename);
请问，这个函数应该如何使用呢？
谢谢
 

Forums:

YAN Chao-Gan

Mon, 11/05/2012 - 16:23

看起来你的文件夹下面有错误的文件。
请确认J:\Analysis\FunImg\sub1下面只有正确的.img/.hdr或是.nii(.gz)文件。

Frances-J

Fri, 11/09/2012 - 01:25

 严老师 谢谢答复。
再次使用 rest_to4d(‘J:\Analysis\FunImg\sub1‘)命令后，没有报错。Matlab中出现了很多数字，但是运行过后没有任何提示，我也没有找到输出的文件，请问
1.数字是否就是SUB1图像内每个VOXEL的时间序列呢？
2.我应该如何提取出这些序列便于做后面的相关？
3.除了rest_to4d之外，有没有别的方式可以提取出每个点的时间序列呢？因为我想在做FC时，每个voxel的序列应该已经被提取出来了，是否只要去找到存储他们的变量就可以？

打扰了

YAN Chao-Gan

Mon, 11/12/2012 - 16:23

1. 是的。详细使用方法见help rest_to4d
2. 可以用corrceof计算相关系数。
3. 计算FC也是调用rest_to4d来读取每个体素的时间序列。

Yu XL

Wed, 01/14/2015 - 01:14

老师您好，我最近也在做每个voxel时间序列的相关，想请问您每个voxel的时间序列是怎么提取的？而且一个task mask里有成千上万个voxel，它们之间的相关都要做吗？ 祝好盼复！

YAN Chao-Gan

Wed, 01/14/2015 - 16:47

你好！

你需要先读入数据，比如：

[Data Vox Head]=y_ReadAll('XXX.nii');

如果你要提取一个Voxel的时间序列，比如你知道它的Index [20,30,40]

TimeSeries = Data(20,30,40,:);

如果你需要提取很多Voxel的时间序列，就需要写For循环了。

超赣

 

zuolonglotu@gma...

Thu, 09/22/2016 - 07:30

Dear Prof. Yan,

If there are 6 ROIs, I calculated paired correlation coefficients between the 6 ROIs.  Is the multiple comparison correction needed? And how to perform multiple comparison correction in this condition?

Best wishes

Long

YAN Chao-Gan

Sun, 09/25/2016 - 06:53

Usually FDR correction would be used.