如何去global VMHC？

Submitted by wisepig119 on Wed, 12/19/2012 - 13:09

请问老师，我看到关于VMHC的文献有两个问题想请教一下
1.文献中讲为了只得到局部脑区的信息而非全脑的VMHC，都将global VMHC作为covariates去掉了，但是REST计算了VMHC，我却不知道这个global VMHC是怎么得到的呢？
2.在双样本统计时由于两侧对称了，只需要一个半球灰质作为mask，这个mask是怎么得到，阈值卡多少呢？
先谢谢了

Forums:

jigongjun

Wed, 12/19/2012 - 14:35

 对于问题2
在做VMHC时，有一步预处理，是将功能像配准到对称模版上，在求globe VMHC时，可以将对称模版作为mask。

wisepig119

Wed, 12/19/2012 - 15:14

那是不是用对称模板做mask计算所有被试的VMHC就可以得到globe VMHC？而对两组被试VMHC结果进行双样本t检验时还需要制作个一侧的灰质mask？

jigongjun

Thu, 12/20/2012 - 02:15

 ”那是不是用对称模板做mask计算所有被试的VMHC就可以得到globe VMHC？“
是的。

”而对两组被试VMHC结果进行双样本t检验时还需要制作个一侧的灰质mask？“
t检验时需要的mask，也可以就是那个对称模版啊。



wisepig119

Thu, 12/20/2012 - 06:53

我计算VMHC和t检验都用对称模板做MASK，得到结果很多在脑外和白质，而用REST的默认MASK结果就还不错（前面预处理都配准到对称模板了），可以就用REST默认MASK做出来的的结果吗？还是我的模板做得有问题呢？

jigongjun

Thu, 12/20/2012 - 09:40

 图片传上来看看吧，差别应该不大的。

wisepig119

Fri, 12/21/2012 - 05:11

之前犯了错误，后来发现两者设定p值后结果都差不多，只是用自制的对称模板计算ＶＭＨＣ和统计后，在未设定两组ｔ检验ｐ值时整个图像都有颜色，设定ｐ＜０．００１，uncorrected,clustersize>10时，有两个地方患者较弱，两个结果就是左右对称的，不过全部体素都在白质上了，很难去解释了，我想尝试用ROI分析看看 Cluster 1
Number of voxels: 18
Peak MNI coordinate: 15 -33  24
Peak MNI coordinate region:  // Right Cerebrum // Sub-lobar // Extra-Nuclear // White Matter // Corpus Callosum // undefined
Peak intensity: -5.1815
# voxels structure
   18 --TOTAL # VOXELS--
   18 White Matter
   18 Right Cerebrum
   10 Limbic Lobe
   10 Cingulate Gyrus
    8 Sub-lobar
    8 Corpus Callosum
    8 Extra-Nuclear
----------------------
Cluster 2
Number of voxels: 18
Peak MNI coordinate: -15 -33  24
Peak MNI coordinate region:  // Left Cerebrum // Sub-lobar // Extra-Nuclear // White Matter // Corpus Callosum // undefined
Peak intensity: -5.1815
# voxels structure
   18 --TOTAL # VOXELS--
   18 White Matter
   18 Left Cerebrum
    8 Limbic Lobe
    8 Sub-lobar
    8 Extra-Nuclear
    8 Cingulate Gyrus
    7 Corpus Callosum
    2 Sub-Gyral
    2 Frontal Lobe