请教臧老师和严老师关于模板的问题

Submitted by will on Thu, 04/18/2013 - 15:48

 想请教两位老师，我的有的文献上在灰质模板上展现VBM的结果很好看，也想做出这样的图片（第一张图），但是用DARTEL最后生成的第6个灰质平均模板（第二张图）发现这个模板比平时rest里和xjview里的模板（第三张图）要扁一些，尤其是在冠状位上，请问怎么才能得到第一张图那种灰质模板呢？

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ZangYF

Fri, 04/19/2013 - 14:57

 第一张图是得到的，我不太清楚。
第二图的冠状位看起来，的确比第三图扁一些。首先要确定是否在同一个坐标。如果是的话，第二个图是你自己的数据得到的平均灰质图像？如果是，可能需要仔细检查一下空间配准是否存在问题。

will

Sat, 04/20/2013 - 16:59

 谢谢臧老师回复，是我弄错了，DARTEL生成的平均模板不是MNI空间的模板，所以看起来形状不一样！再次感谢您的回复！

YAN Chao-Gan

Fri, 04/19/2013 - 17:21

Hi,

Template_6.nii is not in MNI space but in the DARTEL template space. You need to apply the matrix in Template_6_2mni.mat to make it in MNI space. 

T_MNI_Affine=load('Template_6_2mni.mat');
[Data Head]=rest_ReadNiftiImage('Template_6.nii');
Head.mat = T_MNI_Affine.mni.affine;
rest_Write4DNIfTI(Data,Head,'Template_6_MNI.nii');

Best,

Chao-Gan

will

Sat, 04/20/2013 - 16:57

 谢谢严老师赐教，请问这一串命令是实现把DARTEL空间的模板转换到MNI空间吗？不好意思，还得请教您一下怎么用啊，我直接复制粘贴到matlab里运行会报错，应该是DPARSFA下的一个脚本吧？请严老师再详细指导一下好吗？祝一切顺利！

YAN Chao-Gan

Fri, 04/26/2013 - 09:33

去T1ImgNewSegment的第一个被试文件夹下执行这些命令。

will

Thu, 05/02/2013 - 14:49

 严老师你好，我在T1ImgNewSegment的第一个被试文件下下执行了这些命令，但是执行到最后一行时出现了如下错误，求指导！谢谢！ 

??? Error using ==> rest_Fix_Read_Write_Error at 64
Meet error while fixing read write error. Please restart MATLAB, and run "rest_Fix_Read_Write_Error" before starting anything.
 
Error in ==> rest_WriteNiftiImage at 92
   rest_Fix_Read_Write_Error; %YAN Chao-Gan, 100426.

YAN Chao-Gan

Mon, 05/06/2013 - 21:10

原贴最后一句已修改。

will

Thu, 05/02/2013 - 14:52

 我运行了rest_Fix_Read_Write_Error，但是好像没有什么变化。