关于用xjview生成结果表格的疑问

Submitted by stevenlee697 on Fri, 12/16/2011 - 14:19

首先谢谢严老师不辞辛苦的回答我的提问。在用xjview生成结果表格时我遇到问题，请严老师指教。
我看文献上FC的表格内容多是脑区名称，brodmann分区，体素数目，坐标，T值，Z值（组内）等等。下面是我的一个CLUSTER，请您教我怎么从中得到上面各项数据。
Cluster 1
Number of voxels: 453
Peak MNI coordinate: -6 -48 0
Peak MNI coordinate region: // Left Cerebellum // Cerebellum Anterior Lobe // Culmen // undefined // undefined // Cerebelum_4_5_L (aal)
Peak intensity: -4.4623
# voxels structure
453 --TOTAL # VOXELS--
192 Limbic Lobe
167 Posterior Cingulate
147 White Matter
144 Left Cerebrum
132 Right Cerebrum
110 Calcarine_L (aal)
105 Cerebellum Anterior Lobe
101 Culmen
100 Gray Matter
76 Right Cerebellum
71 Calcarine_R (aal)
45 Cerebelum_4_5_R (aal)
44 Vermis_4_5 (aal)
43 brodmann area 30
38 Occipital Lobe
35 Inter-Hemispheric
29 Cerebelum_4_5_L (aal)
29 Left Cerebellum
28 Extra-Nuclear
28 Sub-lobar
27 Precuneus
27 brodmann area 29
25 Precuneus_L (aal)
24 Precuneus_R (aal)
23 Sub-Gyral
21 Parahippocampa Gyrus
20 Temporal Lobe
19 Lingual_L (aal)
16 Right Brainstem
14 brodmann area 23
12 Cerebelum_3_R (aal)
12 Lingual_R (aal)
9 Pons
8 brodmann area 31
7 Midbrain
6 Vermis_3 (aal)
6 Cuneus
5 Fusiform_R (aal)
5 Fusiform Gyrus
4 Parietal Lobe
4 Lingual Gyrus
4 ParaHippocampal_R (aal)
4 Corpus Callosum
3 brodmann area 35
1 brodmann area 18
1 brodmann area 19
1 brodmann area 20
具体问题：① 您说峰值区要选，那排第一的“192 Limbic Lobe”是不是就是峰值脑区，如果是，那坐标就是“Peak MNI coordinate: -6 -48 0”，T值就是“Peak intensity: -4.4623”对吗？脑区名称有了，体素数目有了，坐标有了，T值有了，但brodmann分区，Z值（组内）怎么得到？？；② 您说体素大的也要选，那这几个“167 Posterior Cingulate
147 White Matter
144 Left Cerebrum
132 Right Cerebrum”都选呢还是只选一个，有没有什么标准？如果选至“144 Left Cerebrum”那它的脑区名称叫“左脑”？？ 体素数目“144”，但brodmann分区，坐标，T值，Z值（组内）怎么得到？
请严老师教我，多谢。

Forums:

YAN Chao-Gan

Fri, 12/16/2011 - 21:59

1. 192 Limbic Lobe 只是指有192个体素位于Limbic Lobe，峰值点不一定在内。
峰值点要看Peak MNI coordinate region: // Left Cerebellum // Cerebellum Anterior Lobe // Culmen // undefined // undefined // Cerebelum_4_5_L (aal)
这里面Cerebellum Anterior Lobe更细一些。可以报告。
其他如你所述。
Z值？不知道你指的什么。
2. 你的团块真是太大。Posterior Cingulate应该报。White Matter，Left Cerebrum， Right Cerebrum都太大太泛，应该往下报告指向明确的区域。看起来你的这个团块大部分不在BA分区里面，可能是太多白质了。最多的BA30也只有43个体素。
坐标，T值，Z值（组内）怎么得到？--见你的第一问。

stevenlee697

Sun, 12/18/2011 - 10:57

1、对不起，我没有说请楚。我做的是FC，看有文献报告显著脑区的“组内Z值”，可能就是FISHER-Z变化后的Z值吧，他是怎么得到的呢？
2、那“Cerebellum Anterior Lobe，Posterior Cingulate”脑区的坐标是不是都是“Peak MNI coordinate: -6 -48 0”呢？如果不是，那上面两脑区的坐标用不用分别报告？谢谢。

ZHANG_RESTadmin

Tue, 12/27/2011 - 13:16

1. 报Z还是T都可。Z没有自由度，便于不同研究之间比较，好像比较好些。Z可以做fisher Z变换得到。
2. “脑区的坐标”没有这种说法，脑区很大，跨越很多坐标。这个cluster不管跨越了几个脑区，都是在-6 -48 0达到peak点的。
建议查看最大，次大，第三大peak点。

YAN Chao-Gan

Mon, 01/02/2012 - 02:34

这个Z值不能由Fisher's r-to-z 这个Z变化获得。
http://restfmri.net/forum/Programs_YAN
1. Program for converting T/F/R statistical image to Z statistical image. y_TFRtoZ.m
可能对你有用。

但一般来说，报告T值完全是可以的。